美克尔憩室并发症只有手术才能彻底根治，但憩室并发症很难在手术前作出正确诊断。在行阑尾切除、肠梗阻或探查手术时，如未发现原拟诊断的病变，就应想到是否为美克尔憩室引起的并发症，应探查距回盲部100cm内的回肠。肠套叠手术复位时，也应注意回肠末段是否有小凹陷，可能为憩室内翻所致，应仔细检查处理，否则易造成肠套叠复发。在处理索带、内疝、肠扭曲所致的肠梗阻时，应注意是否为美克尔憩室引起的肠梗阻。明确诊断，有利于治疗。
手术治疗方法包括：（1）憩室单纯结扎、切除，荷包缝合法，适用于憩室类似阑尾大小、基底部直径不超过1cm者；（2）斜形切除术，适用于病变只限于憩室且憩室基底部较宽而无炎症者，切除后为避免发生肠狭窄，将基底部用两把直血管钳在憩室底部与回肠纵轴成45度角斜形钳夹后，切除憩室，消毒后不打开肠腔，作U字交锁全层浆肌层缝合；（3）纵切横缝或楔形切除憩室术，适用于憩室及该部位有炎症、壁厚而硬、憩室基底部很宽者，在憩室远近端用两把钳夹住回肠，楔形切除憩室及小部分回肠壁，此法可切除基底部异位的胃黏膜和胰腺组织及溃疡等，然后双层横行缝合肠壁；（4）包括憩室在内的回肠切除吻合术，适于憩室所致肠套叠引起的肠坏死者，憩室所致内疝、肠扭转、索带打结所致肠坏死者，憩室基底部穿孔伴有明显炎症者，憩室基底部异常宽大伴有明显迷生组织者，连同憩室行回肠切除，作端端吻合。
